通常實驗室超純水的生產過程中使用的純水和超純水幾乎都是以自來水廠生產的飲用水為基礎生產出來的。但自來水廠生產的飲用水除了含有懸浮物以外，還含有離子和有機成分的雜質。溶解在水中的氣體也必須從純水和超純水中清除出去。只有這樣做，才能得到性質穩定、純凈度高的水。

　　在生產過程中，有一點得到了生產者的共識：純水和超純水的生產制造技術能夠減少源于細菌的生物膜，但是無法*這些生物膜。實踐告訴我們盡管超純水中的營養物質含量極低，但是微生物還是能以很快的速度繁殖起來。另外，保持一個系統的純凈比清理一個受到污染的系統要簡單得多。因此，保證能對細菌進行監控的重要設計準則是高流速、光潔的表面和小的死角區域。

　　實驗室超純水機生產的超純水取水后很容易遭到環境污染，所以即取即用的方式是合適的。只有把超純水與環境接觸的時間縮到極短，才能夠獲得純度穩定的超純水。

　　在配置高純度的化學試劑時，盡量不要使用長時間儲桶中存放的超純水，因為儲桶經長時間使用后，會因雜質、微生物的污染而造成水質的劣化，像這種水，在使用時已經不再是超純水。

　　純水儲桶安裝空氣過濾器，防止環境因素造成的污染。

　　儲水桶請勿放置在日光直射處，水溫上升，容易造成微生物繁殖。特別是半透明儲水桶，也會因為日光通透而造成藻類繁殖。

　　超純水取水時一定要將初期的出水放掉，以獲得穩定的水質。

　　取水時讓超純水順著容器側壁流入，盡量不要讓氣泡產生，可降低空氣污染。

　　請不要在終端濾器后再連接軟管，使用直接取水的方式才能獲得純度高的超純水。

　　長時間不用純水時，應將壓力儲水桶中的RO水全部放掉以防止污染。

　　實驗室超純水機若長時間不使用，再次使用時應把初期純水充分放掉以確保水質。原則上，純水機應至少每7-10天通水一次，以防止微生物污染。